W tym artykule nie rozstrzygamy, w jaki sposób VAT powinien zostać rozliczony po przekwalifikowaniu. Nie analizujemy również, czy i na jakich zasadach możliwe jest skorygowanie wcześniejszych faktur oraz deklaracji. Do tych zagadnień wrócimy w kolejnych wpisach.
Na potrzeby tej analizy przyjmujemy następujące założenia:
1. były kontraktor (przekwalifikowany na pracownika) odzyskuje z urzędu skarbowego podatek VAT, który wcześniej wpłacił w związku ze świadczonymi przez siebie usługami na rzecz kontrahenta (przekwalifikowanego na pracodawcę),
2. były kontrahent (przekwalifikowany na pracodawcę) traci prawo do odliczenia VAT z faktur wystawianych wcześniej przez kontraktora i tym samym musi zwrócić niezasadnie odliczony podatek wraz z odsetkami.
Dla przykładu załóżmy, że kontraktor otrzymywał miesięczne wynagrodzenie w wysokości 10 000 zł netto, powiększone o 23% VAT. Kontrahent przelewał mu zatem łącznie 12 300 zł, z czego 2 300 zł stanowił podatek VAT, który kontraktor następnie odprowadzał do urzędu skarbowego.
Po przekwalifikowaniu współpracy na stosunek pracy kontraktor może jednak odzyskać wcześniej zapłacony VAT w wysokości 2 300 zł.
Pojawia się wówczas pytanie: czy odzyskana kwota może pozostać po stronie byłego kontraktora, czy też powinna zostać zwrócona pracodawcy? Każdy z tych wariantów może prowadzić do odmiennych konsekwencji na gruncie PIT.
Czy pracodawca może żądać zwrotu VAT od pracownika?
O cywilnoprawnych podstawach dochodzenia przez pracodawcę zwrotu kwoty odpowiadającej zapłaconemu podatkowi pisaliśmy szerzej w poprzednim artykule: https://mentzen.pl/blog/doradztwo-podatkowe/zwrot-pit-po-przekwalifikowaniu-b2b/
Mechanizm pozostaje zasadniczo tożsamy. W skrócie: jeżeli VAT był doliczany do uzgodnionego wynagrodzenia wyłącznie dlatego, że strony traktowały łączącą je relację jako współpracę B2B, to po jej przekwalifikowaniu na stosunek pracy mogą powstać podstawy do żądania zwrotu tej kwoty.
W analizowanym przypadku przyjmujemy dodatkowo, że pracodawca traci prawo do wcześniej dokonanego odliczenia VAT i jest zobowiązany do zwrotu podatku wraz z odsetkami. Okoliczność ta sama w sobie nie przesądza jeszcze o istnieniu roszczenia wobec pracownika, może jednak mieć istotne znaczenie praktyczne przy ocenie wzajemnych rozliczeń pomiędzy stronami.
Co z PIT, jeżeli pracownik zatrzyma zwrot VAT? (scenariusz numer 1)
Jeżeli były kontraktor odzyska kwotę wcześniej zapłaconego VAT i zatrzyma ją dla siebie, kwota ta będzie stanowiła jego przychód. Kluczowe jest jednak ustalenie właściwego źródła tego przychodu.
Skoro współpraca B2B została przekwalifikowana na stosunek pracy, to niezasadne byłoby zakwalifikowanie tej kwoty do przychodów z działalności gospodarczej. Logiczne wydaje się zatem podejście, zgodnie z którym kwota odpowiadająca VAT powinna więc „podążać” za wynagrodzeniem, którego była elementem.
Tak więc, jeżeli VAT był doliczany wyłącznie dlatego, że strony traktowały swoją relację jako B2B, a następnie relacja ta została uznana za stosunek pracy, uzasadnione jest zakwalifikowanie również tej części wynagrodzenia do przychodów ze stosunku pracy na podstawie art. 12 ust. 1 ustawy o PIT.
Dopiero gdyby nie można było wykazać związku tej kwoty ze stosunkiem pracy ani przypisać jej do innego konkretnego źródła przychodów, należałoby rozważyć zakwalifikowanie jej do przychodów z innych źródeł, o których mowa w art. 10 ust. 1 pkt 9 w zw. z art. 20 ust. 1 ustawy o PIT.
Istotny jest również moment powstania przychodu. Jeżeli kwota odpowiadająca VAT powinna być traktowana jako część wynagrodzenia pracownika, przychód co do zasady powstaje już w momencie jej pierwotnego otrzymania, a nie dopiero w chwili późniejszego zwrotu VAT.
Prawdą jest, że zgodnie z art. 155 ustawy o VAT do przychodów opodatkowanych PIT nie zalicza się należnego podatku VAT oraz zwróconej różnicy podatku VAT, niemniej w analizowanej sytuacji zasada ta nie może mieć zastosowania, gdyż podatek był świadczeniem nienależnym.
W konsekwencji po stronie pracodawcy (byłego kontrahenta) powstanie zaległość z tytułu niepobranych i niewpłaconych w terminie zaliczek na PIT, wraz z należnymi odsetkami za zwłokę.
Podobne podejście zaprezentowano w interpretacji indywidualnej Dyrektora Izby Skarbowej w Bydgoszczy z 6 sierpnia 2008 roku, sygn. ITPB2/415-535/08/RS. Organ uznał, że nienależnie naliczony VAT powinien zostać przypisany do tego samego źródła przychodów co wynagrodzenie, którego był elementem, a przychód powstaje w momencie pierwotnego otrzymania tej kwoty, nie zaś w chwili późniejszego zwrotu podatku przez urząd skarbowy.
Co z PIT, jeżeli pracownik odda VAT pracodawcy? (scenariusz numer 2)
Jeżeli natomiast pracownik, po odzyskaniu VAT, faktycznie zwróci pracodawcy kwotę odpowiadającą podatkowi, który wcześniej był doliczany do jego rzeczywistego wynagrodzenia, sytuacja podatkowa wygląda zgoła inaczej.
Kluczowe znaczenie ma faktyczny moment zwrotu środków. Samo wystąpienie z żądaniem zwrotu, a nawet uzyskanie prawomocnego wyroku zobowiązującego pracownika do zwrotu otrzymanej kwoty, nie jest wystarczające. Do czasu faktycznego przekazania środków pracodawcy wcześniej otrzymana kwota nadal stanowi przychód pracownika.
Takie podejście potwierdza również interpretacja indywidualna Dyrektora KIS z dnia 21 lipca 2026 roku, sygn. 0115-KDIT2.4011.349.2026.2.DT, w której wskazano, że samo powstanie obowiązku zwrotu nie powoduje jeszcze, że wcześniej otrzymane pieniądze przestają być przychodem.
Jeżeli pracownik zwróci pracodawcy kwotę odpowiadającą VAT, pracodawca jako płatnik może uwzględnić ten zwrot przy obliczaniu zaliczki na PIT na podstawie art. 41b ustawy o PIT. Jeżeli tego nie zrobi, pracownik może samodzielnie odliczyć zwróconą kwotę od dochodu na podstawie art. 26 ust. 1 pkt 5 ustawy o PIT.
Odrębnie należy rozpatrzyć natomiast skutki po stronie pracodawcy. Jeżeli kwota zwrócona przez pracownika została wcześniej zaliczona do kosztów uzyskania przychodów, jej odzyskanie powinno zostać odpowiednio uwzględnione w rozliczeniu podatkowym. Jeżeli natomiast wydatek nie został wcześniej uznany za koszt podatkowy, jego późniejszy zwrot pozostanie podatkowo neutralny.
